През територията на Община Кочериново минава р.Струма, характеризираща се с пълноводие по време на топенето на снеговете в планините, както и по време на пролетните и есенните валежи. На територията на Общината се вливат в р. Струма две реки – р.Копривен и р.Рилска. Река Копривен извира от западните склонове на връх Ямата – 1317м., във Влахина планина на територията на Община Невестино, като минава през с.Фролош и в близост до с.Цървище и Горни Драгодан на територията на Община Кочериново. Река Рилска води началото си от планинските масиви в Община Рила, като на територията на Община Кочериново минава през с.Стоб, с.Пороминово и с.Бараково.
Качествата и характеристиките на повърхностните води в Община Кочериново до голяма степен се формират под влиянието на хидроложките процеси, климата, геоложките и геолого - морфологичните условия, както и под влиянието на почвено - растителната структура на водните басейни. Речният отток на р.Копривен е образуван от дъждовните и подземните води, които от своя страна са функция на геоложкия строеж на басейна, климата и почвено- растителния комплекс. На територията на Община Кочериново има изградени 14 микроязовира, използвани при напояването в селското стопанство и които биха могли да бъдат използвани за развитие на рибовъдството.
